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できます。
準確定申告の医療費控除と相続税の債務控除は別の者ものです。
お亡くなりになられた際に、未払になっている医療費は、相続人が支払う債務です。
確定申告で医療費控除しても、その債務は当然相続人が支払うことになりますので、医療費控除の対象となります。