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はい。控除することが出来ます。
相続財産から、お亡くなりになられた以降にお支払いになられた医療費は控除することが出来ます。
確定申告の医療費控除は、所得税を少なくするための措置ですが、
相続財産から控除する医療費は、相続税を減らす措置です。
対象となる税金が違うということになります。